1974 жылы Целиноград мемлекеттік медицина институттың (ЦММИ) емдеу факультетін бітірді. 1977 жылдан бастап 2001 жылдың мамыр айына дейін ЦММИ қызметкері болды (микробиология кафедраның аға лаборанты, ассистенті, доценті, профессоры).
1993 -1999 жылдары Астана медицина университетінің ғылыми жумыс бойынша проректоры және «Астана медициналық журналы» редакторының орынбасары ретінде институт кафедраларында ғылыми мамандарды дайындауға белсенді енбектенді.
2001 жылы Степногорск қаласында орналасқан Ұлттық ғылыми орталығының бірінші орынбасары болып тағайындалған. Ал 2003 жылы Әлмағамбетов Қ.Х. ҚР БҒМ ҒК «Микроорганизмдердің республиқалық коллекцияның» (МРК) директоры болып бекітілген. Өндірістік микроорганизмдердің республиқалық ресурстарың біріктіріп, алғашқы депозитарий құрастырған, МРК халықаралық коллеқциялар Реестіріне еңгізілді.
Кандидаттық («Влияние черепно-мозговой травмы на формирование постреанимационного отека головного мозга» (Алматы, 1982 ж., 14.00.16 – патологиялық физиология, ғылыми жетекші проф. В.Г.Корпачев) және докторлық ( «Транслокация бактерий из кишечника и ее предупреждение энтеросорбентами», 03.00.07 – микробиология, Мәскеу, 1992 ж., ғылыми консультант, проф. В.М.Бондаренко). 1996 жылы ҚР Жоғары аттестациялық комиссиясы профессор дәрежесін бекітті. Қазақ ұлттық жаратылыс тану академияның академигі, Хирш индексі 3.
Профессор 2012-2014 жылдары орындалған «Қазақстандағы өндірістік микроорганизмдердің ресурстарын сақтандыру, дамыту және қолдану» бағдарламаның ғылыми жетекшісі болған. Микроорганизмдердің ресурстарың дамыту және биотехнологияда қолданалуымен байланысты 3 халықаралық және республиқалық конференциялардың ұйымдастырушісі (Астана, 2012, 2013, 2014).
Әлмағамбетов Қ.Х. 350-ден астам қол жазбалардың, оның арасында 14 патенттер мен 14 монографиялардың авторы. Микробиология және микроорганизмдер биотехнологиясына арңалған қітаптар тізбегі («Биотехнология негіздері», «Микроорга-низмдер биотехнологиясы», «Медициналық биотехнология», «Биотехнология», «Қолданбалы микробиология» қосымша оқулық материал ретінде жоғары оқу орындарының биологиялық факультеттерінде пайдаланады.
Оның ғылыми жетікшісімен микробиология және биотехнология мамандықтары бойынша 22 диссертация қорғалған, оның ішінде 2 докторлық, 18 кандидаттық және 2 PhD докторы.